MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Brachyspira intermedia PWS/A chromosome

Total Repeats: 104131

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017243	TAT	2	6	1	6	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017243	ATT	2	6	11	16	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017243	T	6	6	15	20	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017243	A	7	7	66	72	100 %	0 %	0 %	0 %	384207497
5	NC_017243	AGT	2	6	89	94	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384207497
6	NC_017243	AGC	2	6	101	106	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384207497
7	NC_017243	AGA	2	6	140	145	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384207497
8	NC_017243	AAC	2	6	161	166	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384207497
9	NC_017243	AAT	2	6	174	179	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384207497
10	NC_017243	ATG	2	6	301	306	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384207497
11	NC_017243	ATA	2	6	375	380	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384207497
12	NC_017243	AAT	3	9	381	389	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384207497
13	NC_017243	AAT	2	6	401	406	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384207497
14	NC_017243	AAG	2	6	427	432	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384207497
15	NC_017243	AGA	2	6	465	470	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384207497
16	NC_017243	TA	3	6	489	494	50 %	50 %	0 %	0 %	384207497
17	NC_017243	ATT	2	6	521	526	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384207497
18	NC_017243	A	6	6	527	532	100 %	0 %	0 %	0 %	384207497
19	NC_017243	AGA	2	6	579	584	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384207497
20	NC_017243	TAA	3	9	595	603	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384207497
21	NC_017243	GAT	2	6	612	617	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384207497
22	NC_017243	TAA	2	6	656	661	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384207497
23	NC_017243	A	6	6	698	703	100 %	0 %	0 %	0 %	384207498
24	NC_017243	ACA	2	6	764	769	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384207498
25	NC_017243	GTA	2	6	779	784	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384207498
26	NC_017243	AGA	3	9	808	816	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384207498
27	NC_017243	GAA	2	6	830	835	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384207498
28	NC_017243	GTA	2	6	836	841	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384207498
29	NC_017243	GAA	2	6	939	944	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384207498
30	NC_017243	ACT	2	6	953	958	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384207498
31	NC_017243	TTATAA	2	12	1105	1116	50 %	50 %	0 %	0 %	384207498
32	NC_017243	TGT	2	6	1123	1128	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384207498
33	NC_017243	AGA	2	6	1241	1246	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384207498
34	NC_017243	ATA	2	6	1290	1295	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384207498
35	NC_017243	AAG	2	6	1318	1323	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384207498
36	NC_017243	ATTG	2	8	1344	1351	25 %	50 %	25 %	0 %	384207498
37	NC_017243	TAT	2	6	1352	1357	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017243	A	6	6	1366	1371	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017243	CCT	2	6	1376	1381	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
40	NC_017243	TTA	2	6	1382	1387	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017243	TAT	2	6	1409	1414	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017243	TTTTA	2	10	1431	1440	20 %	80 %	0 %	0 %	384207499
43	NC_017243	ATT	2	6	1449	1454	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384207499
44	NC_017243	TAT	2	6	1465	1470	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384207499
45	NC_017243	TAAT	2	8	1480	1487	50 %	50 %	0 %	0 %	384207499
46	NC_017243	CTA	2	6	1510	1515	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384207499
47	NC_017243	CAA	2	6	1543	1548	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384207499
48	NC_017243	ATC	2	6	1565	1570	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384207499
49	NC_017243	A	6	6	1624	1629	100 %	0 %	0 %	0 %	384207499
50	NC_017243	A	6	6	1658	1663	100 %	0 %	0 %	0 %	384207499
51	NC_017243	GAA	2	6	1701	1706	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384207499
52	NC_017243	A	7	7	1705	1711	100 %	0 %	0 %	0 %	384207499
53	NC_017243	TTA	2	6	1826	1831	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384207499
54	NC_017243	GGC	2	6	1952	1957	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384207499
55	NC_017243	ATT	2	6	1960	1965	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384207499
56	NC_017243	AT	3	6	1974	1979	50 %	50 %	0 %	0 %	384207499
57	NC_017243	ATA	2	6	1984	1989	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384207499
58	NC_017243	AT	3	6	2108	2113	50 %	50 %	0 %	0 %	384207499
59	NC_017243	GTT	2	6	2118	2123	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384207499
60	NC_017243	CTT	2	6	2172	2177	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384207499
61	NC_017243	TTAT	2	8	2209	2216	25 %	75 %	0 %	0 %	384207499
62	NC_017243	A	6	6	2249	2254	100 %	0 %	0 %	0 %	384207499
63	NC_017243	GCT	2	6	2268	2273	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384207499
64	NC_017243	AGA	2	6	2345	2350	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384207499
65	NC_017243	TA	3	6	2413	2418	50 %	50 %	0 %	0 %	384207499
66	NC_017243	ATAAA	2	10	2485	2494	80 %	20 %	0 %	0 %	384207499
67	NC_017243	GAA	2	6	2520	2525	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384207499
68	NC_017243	AGA	2	6	2549	2554	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384207499
69	NC_017243	A	6	6	2570	2575	100 %	0 %	0 %	0 %	384207499
70	NC_017243	CTG	2	6	2581	2586	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384207499
71	NC_017243	TA	4	8	2599	2606	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017243	TTA	2	6	2610	2615	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017243	TTATA	2	10	2625	2634	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017243	T	6	6	2645	2650	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017243	GCCC	2	8	2669	2676	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
76	NC_017243	TATAC	2	10	2705	2714	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
77	NC_017243	CGCA	2	8	2717	2724	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
78	NC_017243	TAT	2	6	2771	2776	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017243	A	6	6	2809	2814	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017243	ATG	2	6	2819	2824	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017243	TGA	2	6	2848	2853	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017243	ATC	3	9	2881	2889	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384207500
83	NC_017243	ATT	2	6	2902	2907	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384207500
84	NC_017243	CAA	2	6	2991	2996	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384207500
85	NC_017243	TA	3	6	3048	3053	50 %	50 %	0 %	0 %	384207500
86	NC_017243	A	6	6	3053	3058	100 %	0 %	0 %	0 %	384207500
87	NC_017243	TAATA	2	10	3060	3069	60 %	40 %	0 %	0 %	384207500
88	NC_017243	AT	3	6	3108	3113	50 %	50 %	0 %	0 %	384207500
89	NC_017243	TCA	2	6	3182	3187	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384207500
90	NC_017243	T	6	6	3194	3199	0 %	100 %	0 %	0 %	384207500
91	NC_017243	CTG	2	6	3204	3209	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384207500
92	NC_017243	T	7	7	3214	3220	0 %	100 %	0 %	0 %	384207500
93	NC_017243	TAT	2	6	3268	3273	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384207500
94	NC_017243	AGA	2	6	3307	3312	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384207500
95	NC_017243	ATT	2	6	3352	3357	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384207500
96	NC_017243	ATA	2	6	3428	3433	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384207500
97	NC_017243	TTA	2	6	3452	3457	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017243	TAT	2	6	3478	3483	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017243	TTA	2	6	3496	3501	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017243	AAAT	2	8	3507	3514	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017243	A	6	6	3546	3551	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017243	TA	4	8	3566	3573	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017243	AT	3	6	3581	3586	50 %	50 %	0 %	0 %	384207501
104	NC_017243	ATTTT	2	10	3649	3658	20 %	80 %	0 %	0 %	384207501
105	NC_017243	CTTTGT	2	12	3689	3700	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	384207501
106	NC_017243	AT	3	6	3799	3804	50 %	50 %	0 %	0 %	384207501
107	NC_017243	T	6	6	3856	3861	0 %	100 %	0 %	0 %	384207501
108	NC_017243	T	6	6	3910	3915	0 %	100 %	0 %	0 %	384207501
109	NC_017243	CTT	2	6	3929	3934	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384207501
110	NC_017243	T	7	7	3945	3951	0 %	100 %	0 %	0 %	384207501
111	NC_017243	ATA	2	6	3971	3976	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384207501
112	NC_017243	TTC	2	6	3991	3996	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384207501
113	NC_017243	TC	3	6	3995	4000	0 %	50 %	0 %	50 %	384207501
114	NC_017243	TA	3	6	4013	4018	50 %	50 %	0 %	0 %	384207501
115	NC_017243	CCA	2	6	4096	4101	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	384207501
116	NC_017243	TAA	2	6	4103	4108	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384207501
117	NC_017243	ATT	2	6	4149	4154	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384207501
118	NC_017243	GATT	2	8	4163	4170	25 %	50 %	25 %	0 %	384207501
119	NC_017243	ATT	2	6	4191	4196	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384207502
120	NC_017243	TAA	2	6	4261	4266	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384207502
121	NC_017243	TTTC	2	8	4278	4285	0 %	75 %	0 %	25 %	384207502
122	NC_017243	CAA	2	6	4389	4394	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384207502
123	NC_017243	CTT	2	6	4397	4402	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384207502
124	NC_017243	TCT	2	6	4406	4411	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384207502
125	NC_017243	ATTC	2	8	4435	4442	25 %	50 %	0 %	25 %	384207502
126	NC_017243	ATT	2	6	4465	4470	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384207502
127	NC_017243	ATT	2	6	4535	4540	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384207502
128	NC_017243	ATT	2	6	4553	4558	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384207502
129	NC_017243	TTC	2	6	4618	4623	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384207502
130	NC_017243	AAG	2	6	4642	4647	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384207502
131	NC_017243	T	6	6	4672	4677	0 %	100 %	0 %	0 %	384207502
132	NC_017243	AT	3	6	4710	4715	50 %	50 %	0 %	0 %	384207502
133	NC_017243	CAT	2	6	4716	4721	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384207502
134	NC_017243	T	6	6	4723	4728	0 %	100 %	0 %	0 %	384207502
135	NC_017243	ACA	2	6	4871	4876	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384207502
136	NC_017243	TCA	2	6	4886	4891	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384207502
137	NC_017243	AAG	2	6	5020	5025	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384207502
138	NC_017243	AT	3	6	5151	5156	50 %	50 %	0 %	0 %	384207502
139	NC_017243	CTA	3	9	5190	5198	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384207502
140	NC_017243	TCAT	2	8	5207	5214	25 %	50 %	0 %	25 %	384207502
141	NC_017243	AATT	2	8	5215	5222	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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144	NC_017243	TAA	2	6	5301	5306	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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151	NC_017243	TA	3	6	5432	5437	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_017243	TGCG	2	8	5454	5461	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
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